Der Leuchtturm wurde zwischen 1903 und 1905 errichtet, um den Seeweg zwischen Honningsvåg und Vardø sicherer zu machen.  
Während des Zweiten Weltkriegs nutzten die deutschen Besatzungstruppen den Turm als Beobachtungsposten. Beim erzwungenen Rückzug der Wehrmacht im Herbst 1944 (Taktik der „verbrannten Erde“) wurde die gesamte Station gesprengt. Nur die untere Hälfte des gusseisernen Turms überstand die Detonation.  
In den Jahren 1945 bis 1948 wurde die Anlage wiederaufgebaut. Da man den beschädigten Turm reparierte, statt ihn komplett zu ersetzen, ist Slettnes Fyr heute der einzige verbliebene gusseiserne Leuchtturm in der gesamten Finnmark – alle anderen zerstörten Türme der Region wurden nach dem Krieg aus Beton neu errichtet.