Nykøbing ist eine von Seelands ältesten Städten. Im Mittelalter lebte Nykøbing vom Heringsfang. Die Stadt und das umliegende Land wurden 1370 von der Krone an die Diözese Roskilde verpfändet, aber von Königin Margaret I. zurückgekauft. Im Jahr 1443 wurde Nykøbing das Stadtrecht verliehen, weil nach dem Wegbleiben der Heringsschwärme der Handel die Fischerei als wichtigsten Erwerbszweig abgelöst hatte.

Im Mittelalter war der Fischfang zweifellos die Haupterwerbsquelle der Stadt, vor allem die Heringsfischerei war bedeutend, was man unter anderem daran sieht, dass für jedes fischende Schiff 1 Fass Hering bezahlt werden musste.